На думку Патріарха Варфоломія, вибори відбулись з порушеннями процедури.
Довідка: Конфлікт між Фанаром і Прагою тривав від 1951 року, коли Православна Церква Чехословаччини отримала Томос про автокефалію від Московського Патріархату. Оскільки Константинопольський Патріарх наполягає, що в перервах між Вселенськими Соборами лише йому належить право надавати автокефалію помісним Церквам, то статус Чехословацької Церкви від 1951 року не визнавався. В свою чергу Константинополь надав таки автокефалію Церкви Чехії і Словаччини у 1998 році. Та постійно наполягав на нечинності «московської автокефалії» 1951 року.
Черговий конфлікт між Фанаром та Прагою розгорівся після святкувань православними чехами і словаками у 2011 року 60-ого ювілею автокефального статусу Церкви, отриманого від Московського Патріархату. Після цих святкувань Константинопольський Патріарх за підтримки Синоду направив лист главі Чеської і Словацької Церкви архиєпископу Христофору, в якому висловив своє обурення та пригрозив, що може відкликати свій Томос про автокефалію від 1998 року. Невдовзі архиєпископ Христофор розкаявся в своїх діях і направив відповідний лист на ім‘я Патріарха Варфоломія.
У 2013 році в Православній Церкві Словаччини і Чеських земель розгорівся скандал довкола особи предстоятеля, якого звинуватили в сексуальних домаганнях. Згодом з'ясувалося, що жінка, яка звинувачувала архиєпископа Христофора, сказала неправду. Проте, це не вирішило кризи в Церкві. Ще до свого виправдання архиєпископ залишив пост Глави Православної Церкви Чехії і Словаччини. Замість нього, і до обрання нового предстоятеля, Церкву очолив 89 літній місцеблюститель архиєпископ Оломоуцький і Брненський Симеон (Яковлевич). Його завданням спільно із Синодом було підготувати вибори нового предстоятеля.
9 грудня 2013 року відбулось засідання Синоду, на якому були присутні представники Константинопольського Патріархату, які прибули на запрошення місцеблюстителя архиєпископа Симеона та представники Московського Патріархату, які прибули на запрошення членів Синоду. Присутність на засіданні представників Московського Патріархату, зокрема митрополита Іларіона (Алфєєва) обурила константинопольську делегацію та архиєпископа Симеона, оскільки, це запрошення не було з ним узгоджене. За підсумками засідання єпископа Симеона було відсторонено від справ, а на його місце призначено нового місцеблюстителя 36-ти річного архиєпископа Пряшівського Ростислава (Гонта). Вселенський Патріарх не визнав легітимність цих дій та направив лист-підтримки єпископу Симеону, вважаючи його єдиним канонічним очільником Православної Церкви Чехії та Словаччини. Сам єпископ Симеон також не визнав свого усунення від місцеблюстительства. Зі свого боку Константинопольський Патріарх наголосив: якщо не буде знайдено порозуміння, то він залишає за собою право особисто втрутитись в ситуацію.
Тим часом вибори нового Предстоятеля Православної Церкви Чехії та Словаччини таки відбулись без участі єпископа Симеона. Оскільки за Статутом Чеської і Словацької Церкви вибори повинні відбуватись з двох кандидатів: архиєпископів Празького і Пряшівського, то Синоду спершу треба було заповнити вакантну кафедру Праги, яку очолював архиєпископ Христофор. Ще восени 2013 року на єпархіальному зібранні Празької єпархії делегати не змогли обрати нового архиєпископа Празького. Не зважаючи на це 11 січня 2014 року Синод в прямий спосіб призначив нового архиєпископа. Ним став вікарний архиєрей Йоаким (Грді). Призначаючи нового архиєпископа Празького рішенням Синоду, а не через обрання на єпархіальному зібранні, члени Синоду посилались на те, що за надзвичайних умов (єпархіальне зібрання не змогло обрати нового єпископа) за умовами Статуту вони мають право так чинити. На необхідності двох кандидатів для виборів нового Глави Православної Церкви Словаччини та Чеських земель наполягав і Патріарха Варфоломій у своєму листі до архиєпископа Симеона від 31 грудня 2013 року. Але в той сам час Константинопольський Патріарх не визнав парвомірним відсторонення архиєпископа Симеона від місцеблюстительства та заміну його архиєпископом Ростиславом, яка відбулась за участі делегації Московської Патріархії.
Не зважаючи на це 11 січня 2014 року відбулись вибори Предстоятеля Православної Церкви Словаччини та Чеських земель. Ним став архиєпископ Пряшівський Ростислав (Гонт). Другий кандидат – архиєпископ Йоаким (Грді) напередодні зняв свою кандидатуру на користь Ростислава (Гонта). Константинопольський Патріархат не визнав легітимності цих виборів.