В 1445-1451 роках великий князь Лев Свидригайло пожалував село Кисилин, маршалку земському Петру Ланевичу Кирдію Мильському, разом з селами Твердині, Вербаїв та іншими землями в Луцькому повіті.
На початку XVII століття Кисилин вже згадується, як місце маєтку шляхетського роду Киселів. Близько 1625 року Остафій Кисіль заснував у Кисилині протестантську святиню та аріянську школу. Він був дуже освіченим на той час ученим, знав декілька європейських мов, тож сприяв таким чином піднесенню рівня розвитку науки на Волині.
У 1720 році на місці будівлі зібрань побудували костел, де службу почали проводити священики-кармеліти.
Після третього поділу Речі Посполитої 1795 року, Кисилин увійшов до складу Російської імперії, ставши волосним центром Володимир-Волинського повіту Волинської губернії.
В Першу світову війну Кисилин став місцем зіткнення ударного угрупування російського корпусу та контрудару німецького корпусу. У червні 1916 року там йшли запеклі бої.
Однак історія храму була трагічною. Під час Другої світової війни сталася Волинська трагедія і вона була пов'язана саме з цим костелом.
1 листопада 1941 року було створено гетто, де євреї зазнавали постійних знущань. У Кисилин привезли євреїв з навколишніх сіл. А за рік німці вивезли бранців гетто - близько 500 людей за село та розстріляли.
11 липня 1943 року назавжди залишиться в історії як день загибелі (Кривава неділя) кількох десятків прихожан католицького костелу в Кисилині.
«Після завершення Другої світової, окупаційна радянська влада, звісно ж, і не подумала відновити пам'ятку. Тут розмістили цех по переробці льону та коноплі. Пізніше радянський «цех» знищила пожежа. З того часу будівля не використовується», - пишуть дослідники.
Зараз в інтер'єрі збереглися фрагменти фресок XVII століття. До апсиди костелу примикав двоповерховий монастирський будинок, який після 1832 року виконував роль парафіяльного будинку. Зараз увесь комплекс - руїни без даху.