Археолог та мистецтвознавець Микола Макаренко був чи не єдиним, хто відмовився підписати акт про знесення Михайлівського Золотоверхого монастиря, і став жертвою сталінського терору.
До меморіальної дошки, що розташована на стіні біля Економічної брами на вулиці Трьохсвятительській, 4 лютого поклали квіти, а в соборі відправили панахиду за сміливим і видатним вченим, інформує Вечірній Київ.
Письменниця Оксана Забужко розповіла «апокриф», який наприкінці 80-х років минулого століття ходив між київської інтелігенції про археолога. «Микола Макаренко, уже знаючи, що Михайлівський не врятувати, а така ж небезпека є і щодо Софійського собору, через знайомих, звернувся до свого товариша — Ромена Ролана, якого у ті часи дуже поважали і шанували у країні Рад. І, начебто, клопотання французького письменника до Сталіна зберегло храм, бо він, виявилося, має значення і для французького народу — у ньому вінчалася їхня королева! Так Макаренко, Роллан і Анна Ярославна врятували Софію від знищення», — переповіла Оксана Забужко.
Микола Макаренко, коли впала Російська імперія, переїхав до Києва і у 1918 році отримав громадянство Української Народної Республіки. У складі Софійської комісії та Археологічного Комітету досліджував Софійський собор, пам’ятки Київської держави, Києво-Печерської лаври, Михайлівського Золотоверхого собору. Брав участь у археологічних розкопках Ольвії, Спаського собору в Чернігові, Крейдищанського комплексу поблизу Сум, Маріупольського могильника.
Здійснював розкопки пам’яток трипільської культури на Київщині, а у Києві — на місці Десятинної церкви. У 1920 — 1925 років — директор музею, що відкрився на основі унікальної збірки Ханенків.
У 1934 році Миколу Макаренка заарештували за звинуваченням участі у контрреволюційній діяльності (хоча, усі розуміли, що за відмову підписати акт про знесення Михайлівського Золотоверхого собору). Археолог категорично не погоджувався із висновком письменника Олександра Довженка, який одним із перших заявляв, що «Михайлівський монастир попроситься „піти“, він віджив свій вік. Абсолютно неприпустимо навіть думати, що ці стіни комусь потрібні». На місці стін, які стояли ще з дванадцятого століття, планували спорудити гігантський пам’ятник Леніну та комплекс урядових споруд. Макаренко навіть звернувся з телеграмою до Йосипа Сталіна з поясненням, чому Михайлівський треба зберегти.
Науковця заслали на три роки до Казані, де він викладав у художньому технікумі, був консультантом Центрального музею. 1936, після повторного арешту, його засудили ще на три роки та відправили у Томську виправно-трудову колонію № 2.
15 грудня 1937 року науковця втретє заарештували і постановою «трійки» НКВС СРСР розстріляли у тюрмі 4 січня 1938. Місце поховання досі невідоме…
Посмертно його тричі реабілітувати — за кожною справою. У січні 1989 — це зробив найвищий колегіальний орган державної влади в СРСР — Президія Верховної Ради СРСР.
У 1997 році на Економічній брамі Свято-Михайлівського монастиря ПЦУ встановлено меморіальну дошку з барельєфом Макаренка, скульптор Юрій Багаліка.