У лютому 1918 року, завдяки ініціативі ректора Духовної Академії отця Ідзі Радзішевського, створено організаційний комітет. Праця була інтенсивною і вже влітку 1918 року, внаслідок рішення з’їзду Єпископів Польського Королівства, засновано Люблінський Католицький Університет (Katolicki Uniwersytet Lubelski — KUL). Впродовж багатьох десятиліть університет був єдиним католицьким вишом найбільш віддаленим на Сході Європи.
Харизматичний лідер і організатор отець Радзішевський згуртував гроно однодумців й меценатів навколо ідеї духовного укріплення Польщі. Відроджена Польська Республіка мала, на думку засновників, велику потребу в духовному зміцненні і пропагуванні християнських цінностей у різних сферах світського життя.
Новостворений польський університет мав проводити наукові дослідження, що поєднують науку і віру, а також виховувати католицьку інтелігенцію. Гаслом університету стало "Deo et Patriae" (Богу і Вітчизні).
Через три тижні після проголошення Незалежності 1918 року, відбулася урочиста інавгурація першого навчального року в Люблінському університеті. На той час тимчасовим місцем навчання була будівля Єпархіальної духовної семінарії в Любліні. Керівництво спромоглося відкрити одразу чотири факультети - канонічного права, теологічний, права та соціально-економічних наук, гуманітарних наук.
У міжвоєнний період учбовий заклад поступово отримував права державного вишу. У 1921 році університет отримав власний осередок у Любліні на Алеї Рацлавіцькій.
Статут закладу був прийнятий у 1928 році. У той час офіційно затверджено назву Люблінського католицького університету (ЛКУ). Через п'ять років сейм надав ЛКУ право надавати ступінь маґістра на світських факультетах. У наступні роки кількість наукових працівників та студентів систематично збільшувалася. У 1934 р. створено Наукове товариство Люблінського католицького університету. Університет налагодив співпрацю з науково-дослідними центрами у Польщі й за кордоном. У квітні 1938 р. спеціальний Закон Сейму надав право ЛКУ надавати титули докторів та габілітації на всіх факультетах.
Друга Світова війна внесла значні погіршення у роботу ЛКУ. У вересні 1939, коли німці увійшли до Любліна, будівлю університету перетворили на військовий госпіталь. Багато викладачів та студентів було заарештовано та відправлено на примусові роботи до Німеччини. Багатьох спіткала доля у концтаборах. Незважаючи на репресії, університет ініціював таємне навчання і проводив його протягом усієї війни.
Після відходу німецких військ вже 3 лютого 1945 року Люблінський католицький університет розпочав свою офіційну діяльність фактично як перший університет у Польщі. Коли комуністи зміцнювали свою владу, то намагалися обмежити розвиток університету. Ситуація не покращилася навіть після прийняття офіційної угоди між тогочасним урядом та єпископатом, укладеної в 1950 році. Угода теоретично гарантувала ЛКУ свободу дій, але насправді християнський університет підривав засади комуністичного режиму.
Комуністи прагнули ліквідувати юридичний факультет та ф-т соціально-економічних наук, перешкоджав їм навіть відділ соціально-економічних питань села. За відмову від створення комуністичної молодіжної організації та партійного осередку ректора отця Антонія Сломковського було звільнено з посади, потім звинувачено у контактах зі США, заарештовано і ув'язнено. Його засудили до трьох років позбавлення волі.
Частими для представників влади стали перевірки головної бібліотеки Люблінського католицького університету. В одній з доповідей про таку перевірку читаємо: "десятки ворожих позицій з'являються в каталогах бібліотеки і стають доступними для читачів. Вони стосуються як наукової, так і художньої літератури. Більше того, в сховищах містяться одиниці збереження, що здійснюють наклеп на Радянський Союз, польських комуністів і прогресивний рух, зокрема: «Католицизм і більшовизм» Ігнація Чуми або «Філософська та соціальна ідея Адольфа Гітлера» отця Юзефа Пастушки".
Міністерству науки та вищої освіти було надано право ветувати обраних кандидатів на посаду ректора. Діяльність педагогічного та гуманістичного напрямків була саботована. Студенти повинні були здобути наукові ступені в державних університетах. Працівникам відмовляли у поїздках за кордон, пропонували більш вигідну заробітну плату в інших університетах або відсторонювали від праці в ЛКУ.
У випускників виникли проблеми з пошуком роботи. Наукові публікації та книгозбірні були цензуровані, заклад постійно знаходився під наглядом, студентські молодіжні організації також були заборонені, конфісковано будівлі, а банківські рахунки ліквідовано.
Як згадує випускник університету професор Т.Сосновський: «Ми були свідомі загроз, які постануть під час навчання і пізніше, у пошуках праці. Але ми знали, що здобудемо виняткову освіту, яку не дає жоден польський університет».
Після 1956 року ситуація дещо покращилася і це було використано для покращення наукового рівня закладу, збільшення наукових кадрів, розширення сфери досліджень та створення нових кафедр та дослідницьких колективів, у т.ч. Інститут історичної географії церкви у Польщі або Міжфакультетський відділ правової системи Польської Народної Республіки. Завдяки виїздам науково-дослідних працівників налагоджені контакти з іноземними університетами. Університет став членом Міжнародної федерації католицьких університетів та Міжнародної асоціації університетів.
Позитивні зміни, пов’язані із «жовтневою відлигою», не були тривалими. Вже на початку 1960-х ЛКУ став об'єктом однієї з перших атак комуністів.
У секретній записці Управління у справах релігій при ЦК партії від 1 липня 1965 р. «Про обмеження зростання значення Люблінського католицького університету» читаємо про наступні дії, вчинені у 1964/1965 навчальному році: "розпочато відправку на пенсію викладачів, яким виповнилося 65 років; призупинено кар'єрний зріст та призначення нових наукових працівників на гуманітарному факультеті; сфера діяльності ЛКУ в інших осередках була обмежена, зокрема контакти професорів ЛКУ з державними університетами, а також участь у наукових конференціях, доповідях, лекціях та ін. Деякі обмеження були зроблені у контактах із закордонними католицькими університетами, а публікації ЛКУ скорочено, головним чином у галузі гуманітарних наук.
Комуністична влада намагалася довести Люблінський католицький університет до рівня провінційного богословського університету шляхом ліквідації наступних кафедр на гуманітарному факультеті: польської філології, класичної філології, історії, історії мистецтва.
У 1969 р. створена Комісія із контактів з католицькими університетами. Зміни відбули за каденції ректора отця Мечислава Кромпца (1970-1983). Протягом того часу відновлено англійську та романську філологію, германістику та педагогіку, а також відновлено право на присвоєння докторських ступенів та габілітації на гуманітарному факультеті. ЛКУ став місцем міжнародних наукових конференцій та курсів для іноземних студентів.
Після того, як колишній викладач Люблінського католицького університету Кароль Войтила був обраний папою в 1978 році, був заснований Інститут Йоана Павла ІІ, а його пам’ятник встановлено у дворі. Папа також отримав почесний докторський ступінь усіх факультетів.
Студенти та викладачі університету активно брали участь у русі «Солідарність», багато хто був інтернований під час воєнного стану. Після його скасування Люблінський католицький університет продовжив свій розвиток. Розширено сферу науково-дослідної діяльності та розбудову факультетів. Як зазначає професор Т.Стемпнєвський: «З кінця 80-х років і до сьогодні експерти ЛКУ консультують різні напрямки державного розвитку Польщі. Часто бачимо працівників у теле- і радіопрограмах».
У 1987 році, під час свого третього паломництва до Польщі, Йоан Павло ІІ відвідав Люблінський католицький університет і зустрівся з працівниками та студентами. Тоді ж Папа надав священичий сан М.Каліновському, який влітку цього року обраний ректором ЛКУ.
Варто наголосити, що випускниками ЛКУ стало багато українців. Зокрема, отець Богдан Прах – ректор Українського католицького університету. Ступінь маґістра отримали єпископи Венедикт (Алексійчук), УГКЦ, і Віталій Кривицький, РКЦ. Студенти багатьох українських вишів проходили в KULi стажування і літні мовні школи.
У жовтні 2005 року університет змінив назву на Люблінський католицький університет імені Йоана Павла ІІ.