Самоідентифікація церков як «євангельських» вказує на спосіб визначення власної специфіки – «євангельські» ідеали, як вони розуміються церковним загалом, ставляться вище за історичні традиції.
Однак на місце традицій та ієрархій, властивих історичним церквам, часто ставиться авторитет «братства» - уявної референтної групи ортодоксів «євангельського» вчення. Так для баптизму є очевидним, що богословська основа конфесійної ідентичності – не сім принципів баптизму, яких мало хто знає, а неписані правила «братства». Тому без авторитетних лідерів старшого покоління церква починає входити в зону «депресії», пов’язаної з «падінням авторитету» і «втратою орієнтирів», що визнають і керівники церковних союзів. Сучасні лідери церков усвідомлюють, що без історичних та культурно-богословських рефлексій неможливо визначити власну специфіку та усвідомити себе як самостійного суб’єкта церковної історії та суспільного життя.
Богословська позиція передбачає деномінаційні межі, а відсутність останніх корелює з відсутністю конфесійної доктрини. Парадоксальним чином саме невизначеність конфесійних кордонів забеспечила успіх євангельських церков та формування українського євангельського протестантизму як духовного руху. Але в контексті сучасних тенденцій конфесіоналізації євангельські протестантські церкви постають перед викликом кризи ідентичності і необхідністю доповнення неписаних традицій «братства» кодифікованим богословським вченням, що в свою чергу відкриває можливості для нових конфесійних демаркацій. Самоусвідомлення як національної церкви, релевантної для української духовної культури, дозволяє розмежувати радянське минуле, в якому євангельські церкви мали організаційну єдність – штучну і тимчасову, і сучасність, в якій українські євангельські протестанти утворюють спільний духовний рух, апелюючи до християнської і громадської відповідальности за долю власної країни.
Для євангельського протестантизму з його розмитою богословською ідентичністю властива неформалізована структура церковного життя та міжцерковного спілкування. Євангельський протестантизм це скоріше рух, ніж інституалізована церковна система. Певні особливості церковної організації відрізняють євангельські церкви від церков історичних – антиієрархічний принцип рівності, загальне священство, демократичні процедури приняття церковних рішень. Один із канонізованих сіми баптистських принципів - автономія помісної церкви, тобто пряма підзвітність пресвітерів та загальних членських зборів Богові як голові Церкви. Автономія громади грунтується на автономії особи, на персональній відповідальності кожного християнина за благочестиве життя та служіння.
Разом з тим, впливи православної культури та канонізація радянського способу існування церкви вступають у протиріччя з принципом автономії. Примат колективного начала унеможливлює соціальні й культурні прояви начала особистісного. Уніфікація і стандартизація образу віри як певного типу заперечують можливості індивідуації і специфікації на рівні особи чи помісної церкви. Євангельські церкви успадкували від радянської доби адміністративно-командну систему духовного управління, пірамідальну ієрархію, закритість структури. Дані історико-культурні форми не узгоджуються з принципом автономії і переживають очевидну ерозію.
Водночас в більшості протестантських церков поширюється рух за оновлення методів і форм служіння. Богословські підходи наближаються до реальності, закликають не тільки відокремитись від світу, але й активно перетворювати його. Ці внутрішні трансформації сприяють не тільки успіхам місії, але й подоланню церковного ізоляціонизму, конфесійної закритості і усвідомленню себе частиною вселенського християнства.
Інституалізація і конфесіоналізація євангельських протестантських церков в Україні виходить на новий рівень, коли формується нова духовна спільнота. Можна казати про деконфесіоналізацію євангельських християн-баптистів і християн віри євангельської, а воднораз про конфесіоналізацію євангельського протестантизму як нової міжцерковної спільноти.