Після смерті митрополита Антона Селяви (1641-1655) понад десятиліття митрополита не було. Це негативно відзначилося на церковному житті, особливо у важкий післявоєнний час, коли Церква і народ були понищені війною. Одночасно не було єдності й у василіанському чині, який поділився на дві фракції: одна прагнула обрати протоархимандридом Гавриїла Коленду, а інша – холмського єпископа Якова Сушу, видатного історика греко-католицької Церкви. Єпископат Церкви відреагував на проблему і вислав Якова Сушу до Риму для вирішення проблем поставлення митрополита. Суша в Римі відстояв поставлення митрополитом Гавриїла Коленди (1666-1674). Сам Яків Суша став протоархимандридом василіан.

1668 року, коли Ян ІІ Казимир Ваза (1648-1668) резиґнував королівським престолом, королем Польщі стає Михайло Корибут-Вишневецький (1669-1673, українського походження). Король запрошує на Варшавський сейм митрополита Гавриїла, куди від їде зі своїм помічником Кипріаном Жоховським (який згодом став митрополитом). На сеймі король дуже допоміг українській Церкві: повернув їй забрані майна, відновив знищені архимандрії. На цьому сеймі вперше за багато років Київський митрополит у присутності короля відслужив Літургію у східному обряді за участі латинського духовенства.

У 1673 році помирає король і королем стає Ян ІІІ Собєский (1674-1696). В той час помирає і митрополит Гавриїл і його наступником стає Кипріян ІІ Жоховський (1674-1693). Василіани в цей час обирали нового протоархимандрида. Вони висловивли бажання, щоби протоархимандридом був не єпископ, а один із них, хто склав вічні обіти. Відтоді це правила діє і до сьогодні. На капітулі протоархимандридом обрано Пахомія Огилевича.

Період митрополитів Михайла і Кипріяна ІІ – це час спокою і розквіту Київської греко-католицької митрополії.

За владицтва наступного митрополита Лева І Слюбич-Заленського (1694-1708) знову пролилася кров наших мучеників. 1705 року в Білорусію (яка належала до Польського королівства) ввійшли війська Петра І як союзні війська польського короля Августа ІІ Сильного (1697-1706) у шведській війні. 11 липня 1705 року Петро І прибув до Полоцька, ввійшов до храму, де служилася вечірня, і вбив перед царськими воротами василіанина о. Теофана Кольбичинського, ігумена Константина Заячівського, отців Якова Кізиковського і Якова Книшевича наказав повісити, а їхні тіла спалити. Всіх інших василіан Полоцька ув'язнив.

Після смерті Льва І митрополитом стає Юрій ІІ Винницький (1708-1713), а після нього Лев ІІ Кишка (1714-1728). Митрополит Лев ІІ бачив необхідність суттєвих реформ у Церкві. Для цього він скликав Замойський Собор 1720 року. Заслугами Собору є те, що він укріпив Греко-Католицьку Церкву і зробив її спроможною самостійно реагувати на дух часу. Митрополит Лев ІІ засновує греко-католицьку семінарію у Володимирі-Волинському, а згодом і в Холмі.