В 1820-ых годах в Великобритании и Германии прошло небольшое харизматическое пробуждение, охватившее англикан, пресвитериан и католиков. В некоторых общинах начали практиковаться пророчества, говорение на иных языках и прочие Дары Святого Духа, уподобленные новозаветным дарам. В большинстве случаев небольшое движение в местом приходе просто игнорировалось церковным руководством, и со временем угасало. Однако в 1831 году видный лондонский пресвитерианский проповедник Эдвард Ирвинг (Edward Irving) был исключен из Церкви Шотландии и создал новую общину – Святую Католическую Апостольскую Церковь (Holy Catholic Apostolic Church), уведя за собой значительную часть старых прихожан. Вскоре в Лондоне уже существовало семь подобных церквей (каждая из которых возглавлялась епископом). В 1832 году было признано наличие возрожденного апостольства – новых, призванных через пророков, Апостолов. Первым таким апостолом был призван 7 ноября 1832 года Джон Бэйт Кардейл. 7 декабря 1834 года умирает Ирвинг. К лету 1835 года были призваны все 12 Апостолов, и 14 июля 1835 года они были определены занять высшую позицию в церкви, по замыслу создателей – возрожденной древней церкви, которая приняла название Всеобщая Церковь (Universal Church). Апостольская Коллегия была создана в местечке Обри (Albury), куда апостолы немедленно удалились, дабы подготовить «Свидетельства» о своей работе и подготовиться ко Второму Пришествию. Большая часть апостолов были видные и образованные люди – половина из них были дворянами, трое священниками, двое – бывшими членами английского Парламента. В 1836 году церковь разослала сообщения об этом епископам Церкви Англии, Папе Римскому  и большинству светских правителей, которые были проигнорированы. Именно 14 июля 1835 года считается церковью датой основания, а Ирвинга воспринимают не как основателя движения, но как его предтечу, своеобразного Иоанна Крестителя.

Церковь начала активно развиваться, она была разделена на 12 племен – к каждому из племен было прикреплен определенный регион. Только апостолы считались наделенными полнотой Святого Духа, именно они могли рукополагать вторую ступень священнослужителей – ангелов (для внешних обычно называемых епископами). Ангел/Епископ возглавлял отдельный приход, и ему подчинялось не менее шести священников. Диаконов избирала община (на ангелов и священников указывали пророки), они сохраняли свои гражданские работы. Кроме священнических санов существовало и духовная иерархия – существовали духовные должности Апостола или Старшего; Пророка; Евангелиста и Пастора (или Учителя). При этом священнические и духовные должности могли пересекаться, и в зависимости от комбинации (н-р ангел-прокрок, священник-пророк, священник-евангелист или диакон-пастор и так далее) различались и обязанности служителя. Также имелись церковные должности без рукоположения – иподиакон, аколит, диакониса.

Была создана собственная литургия (в которой многое было позаимствовано из православной литургии, а также иных древних литургий, создание ее было завершено в 1838). Богослужение в Католической Апостольской Церкви было весьма сложной и запутанной, изменяющейся в зависимости от состава служащих; чтобы полностью выполнить весь предусмотренный ритуал, в совершении литургии должны были принимать участие одновременно 72 священнослужителя.

Благодаря тому, что многие члены церкви происходили из высших слоев общества, было развернуто активное церковное строительство, В 1840 году в церкви созрел кризис руководства – апостолы и пророки не могли решить, кто же из них обладает высшим авторитетом в церкви. В итоге пророческие выступления были подавлены, в церкви основное внимание стало уделяться ритуалу, а духовные дары начали уходить на второй план. Небольшие группы верующих, не согласных с умалением харизматических даров, отделились. В октябре 1842 года апостол Маккензи объявил, что в таких условиях более не может выполнять свой апостольский долг. В 1847 году был создан обряд «запечатывания», который мог совершаться только апостолом и совершался только над взрослыми членами церкви (от 20 лет).

В 1855 году умерли три апостола (Маккензи, хоть и не исполнял апостольских обязательств, все равно считался церковью апостолом), и после долгих дискуссий, апостолат объявил, что не нужно призывать новых апостолов. В 1860 году ангел-пророк из Гамбурга Генрих Гейер призвал двух новых апостолов,  что было только частично признано остальными апостолами – призванных признали Коадъюторами (заместителями) апостолов. В 1862 году Гейер призвал третьего апостола, что не было признано апостолами и вызвало первый раскол – в 1863 году большая часть гамбургской общины была экскомуницированна и образовала Немецкую Христианскую Апостольскую Миссию (которая, через несколько преобразований и расколов, затем выросла в "Новоапостольскую Церковь").

В 1877 году, после смерти Кардейла, Апостола-Столпа, церковь возглавил апостол Вудхаус (немощный апостол Армстронг к тому времени уже не мог исполнять свои обязанности и вскоре скончался). В 1891 году Вудхаус рукоположил двух Коадъюторов – Эдварда Хита и Исаака Кападоса, которые с 1896 года (когда Вудхаус уже был совершенно не способен служить), исполняли апостольские обязанности. Однако со смертью Вудхауса в 1901 году апостольское служение в церкви прекратилось. К этому моменту церковь насчитывала более 200 тысяч верующих с 940 приходами (348 приходов в Германии, 315 приходов в Англии; 59 в Дании; 41 в Швейцарии; 29 в США; 28 в Шотландии; 18 в Российской Империи; 17 в Ниделандах; по 15 в Австралии и Швеции; 13 в Канаде;  10 в Норвегии; 8 в Австро-Венгрии; 7 во Франции; 6 в Ирландии; 5 в Новой Зеландии; 3 в Бельгии; 2 в Италии и 1 в Южной Африке). После смерти последнего апостола заметно сократилась литургия, прекратилось «запечатывание», некоторые другие службы, и что самое главное – прекратились рукоположения ангелов, священников и диаконов. Церковь начала постепенно, но все быстрее и быстрее сокращаться, приходы закрываться, прекратилась всяческая проповедь. Период между смертью апостола и Вторым Пришествием Христа был назван «временем молчания». Новые члены в церковь принимались только по рождению или через брак. 1 марта 1931 года умирает архангел Людвиг Альбрехт, церковь превращается в собрание отдельных приходов, возглавляемых ангелами. Все уменьшающееся количество ангелов еще могло благословлять на служение новых иподиаконов. 3 ноября 1960 года в Зигене (Германия) умирает последний ангел Карл Шрей (Karl Schrey). 16 февраля 1971 года в Лондоне умирает последний священник Уильфрид Мейнард Довсон (Wilfred Maynard Davson), и окончательно прекращается служение литургии и причащение. 25 июля 1972 года в Сиднее (Австралия) умирает последний диакон, и в церкви совершенно не остается рукоположенного священства.

Не смотря на утерю священства приходы Католической Апостольской Церкви продолжали существовать, постепенно уменьшаясь в размерах. Начались распродаваться величественные церковные здания (которые часто приобретали либо англикане, либо молодые европейские греческие православные приходы, которым такие храмы нужно было относительно мало переделывать под свои нужды). На 1982 году в Нидерландах (где последний священник умер еще в 1958) оставалось 8 приходов.

На 2007 год по всему миру оставалось около 40 небольших общин, состоящих из потомственных членов церкви. Урезанное богослужение совершается мирянами, благодаря чему очень сильно выросло значение проповеди, ставшей центральной частью богослужения. Все богослужение теперь ограничивается Литаниями (которые до 1990-ых годов читались старыми иподиаконами, и после их смерти в большинстве приходов прекратились), пением гимнов, изучением Библии и чтением проповедей (из числа произнесенных до 1971, которые были изданы в нескольких книгах). Немецкие общины организационно объединены благодаря тому, что все земельные участки и церковные здания принадлежат одному фонду, расположенному во Франкфурте.

В России приходы церкви появились в 19-ом веке, всего к началу века 20-го их было 18. Было создано три прихода (один из них - в Москве - достаточно было закрылся из-за малого числа прихожан). В Петербурге, где приход был создан в 1872, на 1891 год было около 130 человек, более 100 человек в Риге, практически все по национальности немцы. В 1900 году приход основан в Одессе. Также общины существовали на территории Польши (где их было около десятка) и Финляндии. Дольше всего просуществовал один приход в Финляндии – который еще действовал в начале 90-ых.